Служба доставки Boxberry была создана в 2010 году как структурное подразделение группы компаний «Урал-Пресс». Первоначально компания имела сеть из 70 пунктов выдачи заказов и занималась доставкой товаров интернет-магазинов. В 2011 году появился международный отдел: Boxberry начала оказывать услуги таможенного оформления и доставки в Россию для иностранных партнеров. В 2013 году в компании стартовал сервис курьерской доставки. В 2014 году Boxberry начинает принимать на доставку письма и посылки от частных лиц.
С 2015 года компания сотрудничает с сервисом «Яндекс.Доставка». По состоянию на конец 2015 года региональная сеть Boxberry насчитывала 453 отделения в 214 российских городах. За 2016 год сеть выросла до 1000 отделений, а число городов присутствия увеличилось до 308. Также Boxberry приобрела 75% курьерской службы «Аксиомус». В этом же году состоялся массовый выпуск бесплатных модулей для популярных CMS-платформ и старт сервиса «Безопасная сделка».
В 2017 году Boxberry вошла в международный логистический альянс ACEX и стала первой логистической компанией, представляющей в альянсе сферу e-commerce. Для международной доставки было открыто подразделение Boxberry International.
Весной 2017 года компания стала официальным партнёром сервиса бесплатных объявлений «Юла».
На конец 2017 года сеть насчитывала более 1700 пунктов выдачи в 420 городах.
На начало 2018 года Boxberry имеет уже около 1900 отделений, а география присутствия расширилась до 800 населенных пунктов России.
В марте 2018 года Boxberry стала официальным партнером Avito.ru по доставке и начала сотрудничать с интернет-порталом «Ярмарка Мастеров»